🧬 Biyoinformatik Analiz Platformu
DNA ve protein dizilerini analiz edin, BLAST araması yapın, filogenetik ağaçlar oluşturun ve sekans hizalama gerçekleştirin. Modern biyoinformatik araçlarını keşfedin!
DNA/RNA Dizi Analizi
Dizi Girişi
BLAST Simülasyonu
Sorgu Dizisi
BLAST Nedir?
Basic Local Alignment Search Tool - dizilerin veritabanlarında benzerlik araması yapan algoritma. NCBI tarafından geliştirildi.
E-value
Expected value - rastgele bir eşleşmenin beklenen sayısı. Düşük E-value = daha anlamlı eşleşme. < 0.01 genellikle anlamlı.
Identity
Aynı pozisyonlardaki eşleşen baz/amino asit yüzdesi. Yüksek identity = yüksek benzerlik.
Sekans Hizalama
Dizileri Girin (FASTA formatı)
Restriksiyon Enzim Analizi
DNA Dizisi
EcoRI - GAATTC
En yaygin restriksiyon enzimi. Kohezif uc olusturur. Klonlamada temel arac.
BamHI - GGATCC
Klonlamada en cok kullanilan enzimlerden. 4 nükleotidlik yapismali uc birakir.
HindIII - AAGCTT
Palindromik kesim sitesi. Southern blot ve vektör klonlama icin standart.
Palindromik Siteler
Cogu restriksiyon enzimi palindromik dizileri tanir. Her iki zincirde 5 den 3 e ayni sekilde okunur.
Filogenetik Agac Görselleştirmesi
Kladogram
Dal uzunlukları evrimsel mesafeyi gösterir. Her node iki taksonun ortak atasini temsil eder.
Moleküler Filogenez
DNA veya protein dizi benzerligine dayali agac olusturma. 16S rRNA evrensel prokaryot markeridir.
Moleküler Saat
Mutasyon birikim hizi kullanilarak evrimsel zaman tahmini yapilir. Fosil kayitlari kalibrasyon saglar.
ORF (Açık Okuma Çerçevesi) Bulucu
DNA Dizisi
Başlangıç Kodonu
ATG (Metiyonin) - protein sentezinin başladığı kodon. Bakterilerde bazen GTG veya TTG de kullanılır.
Dur Kodonları
TAA (Ochre), TAG (Amber), TGA (Opal) - protein sentezinin durduğu kodonlar.
Okuma Çerçeveleri
Her DNA dizisinde 6 olası okuma çerçevesi vardır (3 forward, 3 reverse).